De vlag van Pijnacker-Nootdorp is op 27 april 2002 vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Pijnacker-Nootdorp. De vlag wordt als volgt omschreven:
drie horizontale banen in de kleuren blauw, geel, blauw. De hoogteverhouding is 2:1:2 met op de twee blauwe banen een gele kronkelende slang met opgerichte kop.[1]
De vlag is afgeleid van het gemeentewapen.