Habitatverlies is de achteruitgang van leefgebieden (habitats) door verdrijving, vernietiging, aantasting en door andere oorzaken waardoor het landschap verandert.
De snelle achteruitgang in biologische diversiteit wordt vooral door verlies aan leefgebieden veroorzaakt. Habitatverlies heeft een directe werking op populaties van dieren en planten en vindt op grotere schaal plaats dan de veranderingen die het gevolg zijn van klimaatverandering, versnippering van het landschap en de introductie van exotische planten en dieren.