Ferredoxin (Fd) je označení pro skupinu malých FeS proteinů, které obsahují jednu či dvě prostetické skupiny „FeS“ s obsahem atomů železa a síry (nikoliv však hemovou skupinou). Prostetické skupiny ferredoxinů se liší poměrem obou prvků: jsou to buď tzv. 2Fe–2S, nebo 4Fe–4S, případně 3Fe–4S. Bakterie mají ferredoxinů obvykle mnoho typů, u eukaryot je přítomen obvykle jeden nebo dva typu 2Fe–2S (vyjma rostlin, jež jich mívají více).[1]