Fluorofoor on keemiline ühend, mis ergastamisel kiirgab valgust emissiooni teel tagasi. Fluorofoorid sisaldavad enamasti mitut aromaatset rühma või pi-sidemetega tasapinnalisi või tsüklilisi molekule.[1]
Fluorofoori kasutatakse nii üksi, vedelikes märkijana, kindlate struktuuride värvijana, ensüümides substraadina, sondina või indikaatorina (kui fluorestsentsi mõjutavad keskkonnaaspektid nagu polaarsus või ioonid). Üldiselt on fluorofoor seotud kovalentsete sidemetega makromolekuli külge, töötades afiinsetes või bioaktiivsetes reagentides (antikehad, valgud, nukleiinhapped) markerina. Eelkõige kasutatakse fluorofoore kudede, rakkude või materjalide värvimiseks mitmesuguste analüüsimeetodite tarbeks, nagu fluorestsentne pildistamine ja spektroskoopia.[2][3]